Il Consiglio comunale è l'organo di indirizzo e di controllo politico-amministrativo dell'Ente.
Le materie di competenza del Consiglio sono definite dalla legge (D.Lgs 267/2000, Testo Unico sull'ordinamento degli Enti Locali): tra le principali ci sono l' approvazione dello statuto dell'ente, del bilancio, del conto consuntivo, del piano regolatore generale e del piano delle opere pubbliche.
Il Consiglio comunale vota la fiducia al sindaco e alla giunta comunale. Al contempo può anche votare mozioni di sfiducia. Il Consiglio comunale si compone dal Sindaco e da un numero variabile di consiglieri, in funzione del numero di abitanti. Quello del Comune di Varese č composto da 32 consiglieri.
Il Consiglio č organizzato in gruppi e commissioni consiliari. I gruppi sono composti da consiglieri di uno stesso orientamento politico e sono coordinati da un capogruppo. a Le commissioni permanenti hanno competenza nelle diverse materie dell'attività comunale. Possono essere nominate anche Commissioni temporanee con compiti speciali e di inchiesta. I Consigli comunali sono presieduti da un presidente eletto tra i consiglieri alla prima seduta. Le sedute del Consiglio sono di norma pubbliche e si svolgono nel Salone Estense.
I provvedimenti adottati dal Consiglio comunale sono reperibili presso l'Ufficio di Segreteria del Consiglio comunale, Palazzo Estense (piano terra), via Sacco n. 5, tel. 0332/255.324-398, fax. 0332/255.351, e-mail consiglio.comunale@comune.varese.it